Strukturę ściany komórkowej i polisacharydów badamy za pomocą mikroskopu sił atomowych (AFM). Materiał ścian komórek jest umieszczany na podłożu ze szkła lub miki w powietrzu lub cieczy. AFM pozwala na obserwację topologii powierzchni ścian komórkowych. W celu badania poszczególnych polisacharydów, próbki przygotowuje się poprzez ekstrakcję w różnych rozpuszczalnikach. Uzyskujemy frakcję pektyn rozpuszczalną w wodzie (WSP), chelatorze wapnia (CSP) oraz węglanie sodu (DASP), hemicelulozę i celulozę. Analizy wykonujemy w celu uzyskania ilościowych informacji o cechach strukturalnych, takich jak średnica, długość lub indeks rozgałęzienia molekuł.
Oprócz skanowania topografii powierzchni, AFM może pracować jako nanoindenter dostarczając zależności siła-deformacja. Krzywa siła-deformacja jest następnie wykorzystywana do oszacowania sztywności (modułu Younga) próbki. Ponadto sposób ten może być użyty do otrzymania mapy sztywności próbki z określonego obszaru. Ponieważ technika AFM pozwala na analizę biomateriałów w środowisku wodnym, wykorzystujemy to narzędzie do badania mechaniki ścian komórkowych i komórek w środowisku zbliżonym do naturalnego.
