Przygotowanie i przechowywanie próbek
- Przygotowywanie i rozlewanie pożywek mikrobiologicznych
- Sterylizacja pożywek mikrobiologicznych, szkła i drobnego sprzętu laboratoryjnego
- Homogenizacja próbek środowiskowych
- Przygotowywanie płynów inokulacyjnych i rozcieńczalników stosowanych w analizach mikrobiologicznych
- Przygotowanie preparatów mikroskopowych i ich automatyczne barwienie metodą Grama
- Przygotowanie i prowadzenie hodowli grzybów w mikrokulturach
- Przechowywanie szczepów bakterii i grzybów w mikrobankach, w zamrażarce niskotemperaturowej (do -85°C)
Analizy z wykorzystaniem metod biologii molekularnej
- Dobór metody i optymalizacja izolacji DNA z próbek środowiskowych, grzybni oraz komórek bakterii i drożdży
- Identyfikacja bakterii na podstawie analizy sekwencjonowania 16S rRNA
- Identyfikacja grzybów na podstawie sekwencjonowania fragmentu D2 zlokalizowanego w obrębie genu kodującego dużą podjednostkę rybosomu (LSU)
- Analiza profilu genetycznego mikroorganizmów na podstawie analizy polimorfizmu długości amplifikowanych fragmentów (AFLP)
- Badanie zróżnicowania genetycznego zbiorowisk mikroorganizmów z wykorzystaniem metody łańcuchowej reakcji polimerazy i elektroforezy w gradiencie żelu denaturującego (PCR-DGGE) oraz analizy polimorfizmu terminalnych fragmentów restrykcyjnych (t-RFLP)
- Detekcja mikroorganizmów, w szczególności grzybów termoopornych, z wykorzystaniem metod molekularnych (PCR, qPCR, LAMP)
- Detekcja i analiza ekspresji genów kodujących enzymy zaangażowane w szlaki degradacji celulozy (PCR, qPCR, qRT-PCR)
Analizy z wykorzystaniem systemu BIOLOG
- Identyfikacja i charakterystyka profilu metabolicznego grzybów (płytki FF)
- Identyfikacja i charakterystyka profilu metabolicznego bakterii (płytki GEN III)
- Identyfikacja i charakterystyka profilu metabolicznego drożdży (płytki YT)
- Identyfikacja i charakterystyka profilu metabolicznego mikroorganizmów beztlenowych (płytki AN)
- Ocena różnorodności funkcjonalnej mikroorganizmów glebowych na podstawie charakterystyki profilu metabolicznego gleby (płytki ECO)
- Badania mikroorganizmów z wykorzystaniem mikromacierzy fenotypowych (płytki PM)
- Ocena wrażliwości mikroorganizmów na związki chemiczne, wyciągi roślinne i biofungicydy (płytki MT2)
- Ocena degradacji różnych związków, odpadów i produktów przez mikroorganizmy (płytki MT2)
Klasyczne analizy mikrobiologiczne
- Określanie ogólnej liczebności bakterii i grzybów w próbkach środowiskowych
- Określanie liczebności oraz izolacja grzybów termoopornych z próbek środowiskowych
- Ocena ilościowa i jakościowa mikroorganizmów proteolitycznych, pektynolitycznych, celulolitycznych, amylolitycznych, lipolitycznych, amonifikacyjnych i nitryfikacyjnych w próbkach środowiskowych
- Identyfikacja rodzajowa grzybów na podstawie obserwacji makro- i mikroskopowych
- Określanie aktywności respiracyjnej gleby
- Ocena wrażliwości grzybów na fungicydy
- Badanie czystości mikrobiologicznej powietrza metodą zderzeniową
- Badanie czystości mikrobiologicznej wody metodą filtracji membranowej
Klasyczne analizy biochemiczne
- Oznaczanie aktywności enzymatycznej szczepów bakterii i grzybów (celulaz, pektynoesterazy, poligalakturonazy, proteazy, lipazy)
- Badanie aktywności enzymatycznej gleby z wykorzystaniem metod spektrofotometrycznych (dehydrogenaz, proteazy, ureazy, fosfatazy kwaśnej i zasadowej, β-glukozydazy)
- Badanie nasilenia procesu amonifikacji i nitryfikacji w środowisku glebowym
- Badanie aktywności enzymatycznej gleby z wykorzystaniem metod fluorymetrycznych (aminopeptydazy leucyny, esterazy, fosfatazy kwaśnej i zasadowej, arylosulfatazy, β-glukozydazy)
