Zakład Badań Systemu Gleba-Roślina

Oferta usług

Przygotowanie i przechowywanie próbek

  • Przygotowywanie i rozlewanie pożywek mikrobiologicznych
  • Sterylizacja pożywek mikrobiologicznych, szkła i drobnego sprzętu laboratoryjnego
  • Homogenizacja próbek środowiskowych
  • Przygotowywanie płynów inokulacyjnych i rozcieńczalników stosowanych w analizach mikrobiologicznych
  • Przygotowanie preparatów mikroskopowych i ich automatyczne barwienie metodą Grama
  • Przygotowanie i prowadzenie hodowli grzybów w mikrokulturach
  • Przechowywanie szczepów bakterii i grzybów w mikrobankach, w zamrażarce niskotemperaturowej (do -85°C)

Analizy z wykorzystaniem metod biologii molekularnej

  • Dobór metody i optymalizacja izolacji DNA z próbek środowiskowych, grzybni oraz komórek bakterii i drożdży
  • Identyfikacja bakterii na podstawie analizy sekwencjonowania 16S rRNA
  • Identyfikacja grzybów na podstawie sekwencjonowania fragmentu D2 zlokalizowanego w obrębie genu kodującego dużą podjednostkę rybosomu (LSU)
  • Analiza profilu genetycznego mikroorganizmów na podstawie analizy polimorfizmu długości amplifikowanych fragmentów (AFLP)
  • Badanie zróżnicowania genetycznego zbiorowisk mikroorganizmów z wykorzystaniem metody łańcuchowej reakcji polimerazy i elektroforezy w gradiencie żelu denaturującego (PCR-DGGE) oraz analizy polimorfizmu terminalnych fragmentów restrykcyjnych (t-RFLP)
  • Detekcja mikroorganizmów, w szczególności grzybów termoopornych, z wykorzystaniem metod molekularnych (PCR, qPCR, LAMP)
  • Detekcja i analiza ekspresji genów kodujących enzymy zaangażowane w szlaki degradacji celulozy (PCR, qPCR, qRT-PCR)

Analizy z wykorzystaniem systemu BIOLOG

  • Identyfikacja i charakterystyka profilu metabolicznego grzybów (płytki FF)
  • Identyfikacja i charakterystyka profilu metabolicznego bakterii  (płytki GEN III)
  • Identyfikacja i charakterystyka profilu metabolicznego drożdży (płytki YT)
  • Identyfikacja i charakterystyka profilu metabolicznego mikroorganizmów beztlenowych (płytki AN)
  • Ocena różnorodności funkcjonalnej mikroorganizmów glebowych na podstawie charakterystyki profilu metabolicznego gleby (płytki ECO)
  • Badania mikroorganizmów z wykorzystaniem mikromacierzy fenotypowych (płytki PM)
  • Ocena wrażliwości mikroorganizmów na związki chemiczne, wyciągi roślinne i biofungicydy (płytki MT2)
  • Ocena degradacji różnych związków, odpadów i produktów przez mikroorganizmy (płytki MT2)

Klasyczne analizy mikrobiologiczne

  • Określanie ogólnej liczebności bakterii i grzybów w próbkach środowiskowych
  • Określanie liczebności oraz izolacja grzybów termoopornych z próbek środowiskowych
  • Ocena ilościowa i jakościowa mikroorganizmów proteolitycznych, pektynolitycznych, celulolitycznych, amylolitycznych, lipolitycznych, amonifikacyjnych i nitryfikacyjnych w próbkach środowiskowych
  • Identyfikacja rodzajowa grzybów na podstawie obserwacji makro- i mikroskopowych
  • Określanie aktywności respiracyjnej gleby
  • Ocena wrażliwości grzybów na fungicydy
  • Badanie czystości mikrobiologicznej powietrza metodą zderzeniową
  • Badanie czystości mikrobiologicznej wody metodą filtracji membranowej

Klasyczne analizy biochemiczne

  • Oznaczanie aktywności enzymatycznej szczepów bakterii i grzybów (celulaz, pektynoesterazy, poligalakturonazy, proteazy, lipazy)
  • Badanie aktywności enzymatycznej gleby z wykorzystaniem metod spektrofotometrycznych (dehydrogenaz, proteazy, ureazy, fosfatazy kwaśnej i zasadowej, β-glukozydazy)
  • Badanie nasilenia procesu amonifikacji i nitryfikacji w środowisku glebowym
  • Badanie aktywności enzymatycznej gleby z wykorzystaniem metod fluorymetrycznych (aminopeptydazy leucyny, esterazy, fosfatazy kwaśnej i zasadowej, arylosulfatazy, β-glukozydazy)
X