Opiekun: prof. dr hab. Magdalena Frąc
e-mail: m.frac@ipan.lublin.pl
Profil badań:
Holobiont roślinny i mikrobiom glebowy.
Badania komponentów holobiontu roślinnego w celu rozpoznania składu i funkcji mikrobioty i mykobioty występującej w poszczególnych niszach ekologicznych: glebie, ryzosferze, korzeniach i poszczególnych częściach nadziemnych roślin, oraz rozpoznanie transferu mikrobiomu w obrębie nisz ekologicznych.
Bioróżnorodność mikroorganizmów środowiska rolniczego.
Analiza aktywności oraz różnorodności funkcjonalnej i genetycznej mikroorganizmów w glebie, materiale roślinnym, odpadach organicznych i innych składowych agroekosystemów w celu oceny jakości, kondycji biologicznej i bezpieczeństwa środowiskowego i żywnościowego.
Ekologia, biochemia i biotechnologia mikroorganizmów.
Analiza właściwości biochemicznych, wrażliwości chemicznej, oraz podatności na konserwanty i ekstrakty roślinne środowiskowych mikroorganizmów (bakterii, drożdży, grzybów strzępkowych), w tym grzybów termoopornych oraz mikroorganizmów dobroczynnych w celu pozyskania szczepów o potencjalnym znaczeniu biotechnologicznym, opracowania biopreparatów, bionawozów oraz bioproduktów na bazie mikroorganizmów. Badania interakcji mikroorganizmów oraz ich antagonistycznego i synergistycznego oddziaływania.
Multiomiczne ujęcie wirulencji inwazyjnych fitopatogenów i ich wpływ na holobiont. Badania ukierunkowane na kompleksową analizę genomiki, transkryptomiki i profilu metabolicznego w celu identyfikacji mechanizmów wirulencji, adaptacji oraz rozprzestrzeniania się mikroorganizmów patogenicznych atakujących rośliny uprawne. Ocena wpływu rozprzestrzeniających się fitopatogenów na stabilność natywnego mikrobiom holobiontu roślinnego. Wykorzystanie zaawansowanych narzędzi bioinformatycznych i wysokoprzepustowych technik sekwencjonowania do szczegółowej charakterystyki fitopatogenów.
Analiza mikrobiologiczna surowców roślinnych.
Opracowywanie, optymalizacja i testowanie metod szybkiej detekcji mikroorganizmów (PCR, real-time PCR, LAMP, NGS), ze szczególnym uwzględnieniem grzybów termoopornych i fitopatogenów w celu podniesienia jakości surowców i produktów rolno-spożywczych.
Zagospodarowanie odpadów organicznych.
Wykorzystanie mikroorganizmów i ich zbiorowisk w procesach detoksykacji, przetwarzania, kondycjonowania oraz biologicznej degradacji odpadów organicznych z przemysłu rolno-spożywczego, a także ich wykorzystanie jako komponentów biopreparatów i nośników dla mikroorganizmów.
