Przygotowanie i przechowywanie próbek
- Przygotowywanie i rozlewanie pożywek mikrobiologicznych
- Sterylizacja pożywek mikrobiologicznych, szkła i drobnego sprzętu laboratoryjnego
- Homogenizacja próbek środowiskowych
- Przygotowywanie płynów inokulacyjnych i rozcieńczalników stosowanych w analizach mikrobiologicznych
- Przygotowanie preparatów mikroskopowych i ich automatyczne barwienie metodą Grama
- Przygotowanie i prowadzenie hodowli grzybów w mikrokulturach
- Przechowywanie szczepów bakterii i grzybów w mikrobankach, w zamrażarce niskotemperaturowej
Analizy z wykorzystaniem metod biologii molekularnej
- Dobór metody i optymalizacja izolacji DNA z próbek środowiskowych, grzybni oraz komórek bakterii i drożdży
- Identyfikacja bakterii i grzybów na podstawie sekwencjonowania markerów molekularnych
- Analiza profilu genetycznego mikroorganizmów na podstawie analizy polimorfizmu długości amplifikowanych fragmentów (AFLP)
- Badanie zróżnicowania genetycznego zbiorowisk mikroorganizmów z wykorzystaniem metody łańcuchowej reakcji polimerazy i elektroforezy w gradiencie żelu denaturującego (PCR-DGGE) oraz analizy polimorfizmu długości terminalnych fragmentów restrykcyjnych (t-RFLP)
- Detekcja mikroorganizmów, w szczególności fitopatogenów, mikroorganizmów dobroczynnych i grzybów termoopornych, z wykorzystaniem metod molekularnych (PCR, qPCR, LAMP, technik sekwencjonowania)
- Sekwencjonowanie następnej generacji, w tym sekwencjonowanie przez syntezę, sekwencjonowanie nanoporowe
Analizy z wykorzystaniem systemu BIOLOG
- Charakterystyka profilu metabolicznego grzybów (płytki FF)
- Charakterystyka profilu metabolicznego bakterii (płytki GEN III)
- Charakterystyka profilu metabolicznego drożdży (płytki YT)
- Charakterystyka profilu metabolicznego mikroorganizmów beztlenowych (płytki AN)
- Ocena różnorodności funkcjonalnej mikroorganizmów środowiskowych (m.in. gleby, materiału roślinnego, odpadów) na podstawie charakterystyki profilu metabolicznego (płytki ECO)
- Badania mikroorganizmów z wykorzystaniem mikromacierzy fenotypowych (płytki PM)
- Ocena wrażliwości mikroorganizmów na związki chemiczne, ekstrakty roślinne, konserwanty, biofungicydy i inne komponenty (płytki MT2)
- Ocena degradacji różnych związków, odpadów i produktów przez mikroorganizmy (płytki MT2)
Klasyczne analizy mikrobiologiczne
- Określanie ogólnej liczebności bakterii i grzybów w próbkach środowiskowych
- Określanie liczebności oraz izolacja grzybów termoopornych z próbek środowiskowych
- Ocena ilościowa i jakościowa mikroorganizmów proteolitycznych, pektynolitycznych, celulolitycznych, amylolitycznych, lipolitycznych, amonifikacyjnych i nitryfikacyjnych w próbkach środowiskowych
- Identyfikacja rodzajowa grzybów na podstawie obserwacji makro- i mikroskopowych
- Określanie aktywności respiracyjnej gleby
- Ocena wykorzystania substratów przez mikroorganizmy za pomocą systemu MicroResp
- Ocena wrażliwości grzybów na fungicydy
- Oznaczanie aktywności antagonistycznej mikroorganizmów
- Obserwacja wzrostu i interakcji mikroorganizmów z wykorzystaniem mikroskopu holotomograficznego
- Badanie czystości mikrobiologicznej powietrza metodą zderzeniową
- Badanie czystości mikrobiologicznej wody metodą filtracji membranowej
Klasyczne analizy biochemiczne
- Oznaczanie aktywności enzymatycznej szczepów bakterii i grzybów (celulaz, pektynoesterazy, poligalakturonazy, proteazy, lipazy)
- Badanie aktywności enzymatycznej gleby z wykorzystaniem metod spektrofotometrycznych (dehydrogenaz, proteazy, ureazy, fosfatazy kwaśnej i zasadowej, β-glukozydazy)
- Badanie nasilenia procesu amonifikacji i nitryfikacji w środowisku glebowym
- Badanie aktywności enzymatycznej gleby z wykorzystaniem metod fluorymetrycznych (aminopeptydazy leucyny, esterazy, fosfatazy kwaśnej i zasadowej, arylosulfatazy, β-glukozydazy)
